Oui étant stagiaire PLP COB, je te confirme la certification intermédiaire. Autrement dit, l'ancien BEP (compta ou secrétariat) était un diplôme à part entière et une condition sine qua non du passage en BAC pro 2 ans.
Mais, maintenant, avec le nouveau BAC pro 3 ans, il s'agit juste d'une certification ("un papier") qui en passant doit être obtenu par 100 % des élèves selon les nouvelles exigences... Difficile d'y croire mais ATTENTION faut pas le dire

Pour répondre à ta question, les élèves de Seconde BAC Pro compta/secrétariat devront posséder les compétences données par ce référentiel de certification à la fin de leur année de Seconde ou en début de Première.
Il s'agit d'un référentiel COMMUN compta/secrétariat et non pas un référentiel propre à la compta (qui ne sera le cas qu'à partir de la Première).
Personnellement, je n'ai toujours pas très bien saisi s'il faut utiliser ces deux référentiels ou seulement le référentiel de certification. Du coup, je me contente d'utiliser le référentiel du BAC pro 2 ans. D'ailleurs, il me semble qu'il existe pas mal de compétences communes entre les deux référentiels mais à vérifier (moi j'ai la flemme

)
J'espère avoir pu répondre à certaines de tes questions